El dólar también alcanzó un mínimo récord frente a una canasta de otras monedas importantes, mientras que el petróleo y el oro tocaron máximos históricos.
Datos que mostraron una caída sorpresiva en las ventas minoristas de Estados Unidos golpearon aún más al dólar al profundizar los temores sobre la salud de la economía.
"La desaceleración que está ocurriendo en los bancos ha llegado a la gente común. Estos números económicos empeorarán aún más", dijo Joe Francomano, vicepresidente de cambio extranjero en Erste Bank en Nueva York.
El dólar llegó a caer a 99,77 unidades de Japón en la sesión asiática, según los datos de Reuters. Esos niveles no se veían desde fines de 1995.
Luego se recuperó a cerca de 100,45 yenes en las primeras operaciones en Nueva York, con una caída diaria del 1 por ciento.
También tocó nuevos mínimos frente al euro, más allá de la barrera de 1,56 por unidad de la moneda única.
En lo que va del año, el dólar se ha depreciado cerca de un 10 por ciento frente al yen y la caída por debajo del nivel de 100 yenes ha despertado especulación en torno a la posibilidad de que Japón intervenga en el mercado para frenar el alza de su moneda.
El aumento de los problemas ocasionados por la crisis hipotecaria subprime de Estados Unidos reducía aún más la confianza en la principal moneda de reserva del mundo.
"Estamos entrando en una modalidad de crisis del dólar", dijo Derek Halpenny, economista de BTM-UFJ.
"Mirando a los mercados, hay una pérdida de confianza total, y eso es porque a los mercados les preocupa el sector financiero de Estados Unidos, y en última instancia, hasta qué punto se verá forzada la Fed (Reserva Federal) para respaldar a ese sector", dijo.
Los fuertes movimientos hicieron que el primer ministro japonés Yasuo Fukuda dijera que las variaciones rápidas de los tipos de cambio son indeseables.
Por su parte, el ministro de Finanzas japonés Fukushiro Nukaga sostuvo que los recientes movimientos cambiarios reflejan debilidad del dólar, no fortaleza del yen.
También dijo que el Grupo de los Siete países más desarrollados comparte la opinión de que son indeseables los movimientos cambiarios excesivos.
No obstante, Halpenny consideró que es poco probable que Japón intervenga realmente en los mercados cambiarios, más allá de las palabras de los funcionarios.
"Las autoridades no intervendrán. La última vez que hubo intervención fue en el 2003 y en el 2004, y las condiciones en Japón eran totalmente distintas", sostuvo.
Otros no estaban tan convencidos respecto de qué podría hacer Japón.
"Las condiciones económicas han estado deteriorándose, el mercado está descontando una probabilidad mayor al 50 por ciento de que el BJ (Banco de Japón) recortará las tasas para fin de año", dijo UBS en un informe para sus clientes. "Una intervención fácilmente podría ser consistente con la política monetaria".
El euro llegó a colocarse en 1,5624 dólares, según datos de Reuters, y luego en Nueva York se negociaba a 1,5575 , con pocos cambios en el día.
El declive de la moneda norteamericana ocurría a pesar de los comentarios que hizo el presidente estadounidense George W. Bush el miércoles, de que él preferiría ver al dólar más fuerte.
Bush también expresó su preocupación de que la caída de su valor pueda ser una causa de los altos precios energéticos en Estados Unidos.