Ambas monedas han subido en los últimos meses, a medida que los inversores dan marcha atrás con sus operaciones financiadas mediante el endeudamiento en yenes y en dólares.
Los inversores también han comprado la divisa estadounidense mientras esperan un plan significativo de estímulo económico por parte del próximo Gobierno de Barack Obama.
El yen se desempeñaba mejor frente a las monedas de países en los que se espera que los bancos centrales bajen fuertemente sus tasas de interés esta semana, entre ellas el euro, la libra y el dólar australiano.
"Esta es una reacción clásica de refugio en activos de calidad, alimentada por las señales de un deterioro de la economía global", dijo Omer Esiner, analista de Ruesch International en Washington.
"Específicamente, la fuerte caída en la actividad manufacturera en Europa, Gran Bretaña y China ha presionado a las bolsas del mundo, incluyendo la de Estados Unidos. Esto apoya el refugio en el dólar y la marcha atrás con los carry trades, lo que beneficia al yen", agregó.
En las primeras operaciones en Nueva York, el dólar caía un 1,6 por ciento frente al yen a 94,00 yenes <JPY=>. El euro también bajaba frente al yen, con un descenso del 2,3 por ciento a 118,37 yenes <EURJPY=>.
El euro se depreciaba un 0,8 por ciento frente al dólar a 1,2597 dólares <EUR=>, mientras que la divisa estadounidense subía un 0,5 por ciento frente a una canasta formada por seis monedas de importantes socios comerciales de Estados Unidos.
La libra caía un 2,9 por ciento frente al dólar a 1,4951 dólares <GBP=>. Las pérdidas de la moneda se acentuaron cuando un informe mostró que la actividad manufacturera británica se contrajo en noviembre a un ritmo récord, aumentando la posibilidad de una rebaja agresiva en las tasas de interés.